Naruto è un bambino di 12 anni molto emarginato, poichè in lui risiede lo spirito di un mostro potentissimo, la volpe a nove code, che anni fa aveva causato molte stragi al villaggio della foglia. Il quarto hokage, dunque, decise di sacrificare la sua vita per imprigionare lo spirio della volpe a nove code nel corpo di Naruto, che a quell'epoca era appena nato. Disse inoltre di considerare Naruto un eroe per quel fatto, ma nonostante ciò il bambino è sempre da solo.
Naruto, oltre che a non avere amici, è una frana anche come ninja, ma il suo desiderio rimane sempre quello di diventare un combattente fortissimo. L'esame accademico a cui gli aspiranti ninja devono partecipare ha sempre pessimi esiti per lui, finchè il maestro Iruka decide di promuoverlo a Genin per avere imparato in fretta la tecnica della moltiplicazione del corpo. Naruto, dopo la promozione, viene affiancato da Sasuke e Sakura, due altri genin, nel gruppo di allievi sotto il maestro Kakashi. La prima vera missione che devono compiere si svolge al villaggio delle onde, dove incontrano Zabuza, un potente ninja che agisce per gli ordini di Gatoo, un potente uomo miliardario. Kakashi riesce a sconfiggerlo, nonostante con lui ci fosse anche Haku, un bambino particolarmente dotato e capace di usare tecniche innate molto potenti. Il prossimo obiettivo del gruppo di Naruto è il raggiungimento del titolo di chunin, per cui prendono parte all'esame.
La prima prova scritta sembra mettere in difficoltà Naruto, che però riesce a superarla, mentre Sakura e Sasuke non trovano problemi. La seconda prova consiste nel sopravvivere in una foresta per cinque giorni, e nel raggiungere la torre posta al centro di essa. Molti gruppi non superano questa prova, ma Naruto, Sakura e Sasuke ci riescono in extremis. La terza e ultima prova vede contrapporsi i genin rimasti in un vero e proprio torneo. Innanzitutto i svolgono i preliminari del torneo: Naruto e Sasuke passano alla fase finale, mentre Sakura pareggia e non passa. La prova finale vede contrapposti i migliori genin di tutti i villaggi: Naruto, Sasuke, Neji, Gaara, Temari, Kankuro, Dosu, Shino, Shikamaru. Solo chi dimostrerà di essere un vero ninja diventerà chunin, quindi non è indispensabile vincere.
Naruto batte Neji, Temari batte Shikamaru, Kankuro si ritira lasciando passare Shino, ma mentre Sasuke e Gaara stanno combattendo, succede l'inaspettato: il kazekage (kage del villaggio della sabbia) presente per assistere allo scontro in realtà è Orochimaru, un ninja che trama da anni una vendetta contro il villaggio della foglia. Il torneo viene temporaneamente sospeso, nel frattempo la lotta tra villaggio della sabbia e villaggio della foglia entra nel vivo. Il terzo hokage contro Orochimaru dà vita ad un duello altamente spettacolare, mentre Sasuke insegue Gaara, Temari e Kankuro, inseguiti a loro volta da Naruto, Sakura, Shikamaru, Pack e Shino.